Posso baixar documentos fiscais de várias empresas usando o mesmo certificado?

Sim. Se o seu certificado digital englobar vários CNPJs, basta informar o certificado e cadastrar o primeiro estabelecimento. Informe o mesmo certificado e cadastre o segundo estabelecimento. Repita o mesmo processo quantas vezes for necessário. Em caso de dúvidas, consulte seu fornecedor de certificados digitais.